教育部重点实验室有2个：急救与创伤研究教育部重点实验室、热带转化医学教育部重点实验室。
中国医学科学院院外创新单元1个：中国医学科学院海岛急救医学创新单元。
省级重点实验室9个：海南省热带药用植物研究开发重点实验室、海南省热带病重点实验室、海南省药物临床前药理毒理学研究重点实验室（海南省药物安全性评价研究中心）、海南省人类生殖与遗传重点实验室、海南省肿瘤发生和干预重点实验室、海南省创伤与灾难救援研究重点实验室、海南省细胞与分子遗传转化医学重点实验室、海南省热带脑科学研究与转化重点实验室、海南省热带心血管病研究重点实验室。
省级临床医学研究中心有3个：海南省急危重症临床医学研究中心、海南省消化系统恶性肿瘤临床医学研究中心、海南省地方病（地中海贫血）临床医学研究中心。
省级工程研究中心有3个：海南生物材料与医疗器械工程研究中心（急诊与创伤）、海南省创新药物临床评价工程研究中心、海南省热带法医学司法鉴定工程研究中心 。
海南省院士工作站8个：郝希山院士工作站（肿瘤学）、高福和康乐院士工作站（病原微生物和虫媒研究）、刘允怡院士工作站（肝胆胰外科）、杨宝峰院士工作站（药理学）、于金明院士工作站（肿瘤学）、付小兵院士工作站（创伤医学）、丛斌院士工作站（热带法医学）、袁国勇院士工作站（传染病学）。
科学实验平台3个：海南省药物安全性评价研究中心、科学实验中心、海南医学院二级生物安全水平实验室。
联合实验室4个：海南医学院与香港大学建立了“海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室”；海南医学院公共卫生学院、热带医学与检验医学院与柬埔寨卫生科技大学建立了“海南医学院-柬埔寨卫生科技大学热带医学与公共卫生联合研究中心”；海南省人类生殖与遗传重点实验室与缅甸仰光医科大学建立了“中-缅区域性重大疾病防治联合研究中心”；海南医学院与第四军医建立了“海南医学院-第四军医大学神经科学联合实验室”。
博士后科研工作站2个。
省级特色重点学科4个：临床医学、基础医学、药学、公共卫生与健康管理。
国家临床重点建设专科8个：急诊医学科、肿瘤科、重症医学科、神经外科、心血管内科、普通外科、临床护理、医学影像科。
国家中医药管理局中医药重点学科1个：中医肝胆病学。
国家中医药管理局中医药重点建设专科1个：针灸科。
国家级药物临床试验专科基地7个：呼吸内科、心血管内科、神经内科、妇产科、泌尿外科、内分泌科、消化内科。
国家药物临床前安全评价机构实验室1个：海南省药物安全性评价研究中心。
国家卫生部人类辅助生殖技术准入机构1个：海南省生殖医学中心。
省级科研创新团队13个：甲胎蛋白受体特异性表达对HBx驱动肝细胞恶变的预警作用及其应用于示踪癌细胞转移（李孟森团队）、Exosomes携带外源miRNA经轴浆转运后对脊神经节脊神经元胞体的影响及其可行性研究（易西南团队）、δ-阿片受体通过CREB双信号通路影响α-synuclein过表达或突变诱导的寡聚体形成的分子机制（陈涛团队）、mTOR通路对心肌无复流细胞凋亡的调控及信号转导机制研究（曾敏团队）、缺血性心肌病相关恶性心律失常的电生理机制与早期预警（李海涛团队）、具有体内DC特性的新型复方疫苗靶向FGFR1抗肿瘤血管生成作用研究（郑少江团队）、以微血管为主导因素的鼻咽癌放射性脑结构和功能损伤的多模态磁共振研究（陈旺生团队）、黎药裸花紫珠3种外用制剂的研发（张俊清团队）、海南热带病传染病防治研究（吕刚团队）、非小细胞肺癌多模态影像特征与分子靶向标注物的关系及预测靶向和免疫治疗疗效的研究（于丽娟团队）、甲胎蛋白对肝癌细胞转移的影响及其调控机制（朱明月团队）、南药益智仁抑制TXNIP调节自噬通量治疗糖尿病肾病的机制研究（谢毅强团队）、地中海贫血的生殖预防与干细胞治疗研究（马燕琳团队）。
学校主办6本学术期刊：海南医学院学报（中文版）、海南医学院学报（英文版）(Journal of Hainan Medical University)、亚太热带医学杂志（英文版） (Asian Pacific Journal of Tropical Medicine)、亚太热带生物医学杂志（英文版）（Asian Pacific Journal of Tropical Biomedicine）、急性病杂志（英文版）（Journal of Acute Disease）、亚太生殖杂志（英文版）(Asian Pacific Journal of Reproduction)。
2014-2019年，学校共承担国家自然科学基金项目197项，获得资助总金额7236.8万元；承担厅级以上纵向科研项目1469项，获得资助总金额为24807.93万元；共发表SCI论文1635篇，出版学术专著286部，获得发明专利166项，2017年底临床医学成为海南省首个进入ESI全球前1%的学科；共获得省部级及以上科技奖励40项，其中省级一等奖8项，教育部自然科学二等奖1项，中华医学科技奖三等奖1项。
（更新于2020年12月）
