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学院依托海南省热带病重点实验室、海南医学院热带生物医学技术实验室、P2实验室开展科研工作。与中国科学院高福和康乐院士团队合作成立了海南省热带医学院士工作站。柔性引进南京大学长江学者鞠熀先教授建立了热带病原生物学临床检测平台。现已形成稳定的热带医学、临床检验诊断技术和环境监测三个研究方向。近些年，学院共承担传染病国家重大科技专项课题2项，国家自然科学基金项目42项，省厅级项目31项，科研经费近1600余万元。发表科研论文140余篇，其中SCI收录90余篇，获海南省科技进步奖一等奖和二等奖各1项。