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教务处 | 学生工作处 （学生工作部、人民武装部） | 科技处 |
| 财务处 | 保卫处 | 后勤与国有资产管理处 |
基建房产管理处 | 对外交流与合作处 | 研究生处 |
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| 直属附属医院 |
海南医学院附属海南医院 （海南省人民医院） | 海南医学院第一附属医院 | 海南医学院第二附属医院 （海南医学院附属农垦总医院） |
| 非直属附属医院 |
海南医学院附属安宁医院 （海南省安宁医院） | 海南医学院附属妇幼保健院 海南医学院附属儿童医院 （海南省妇幼保健院） | 海南医学院附属三亚中心医院 （三亚中心医院，海南省第三人民医院） |
海南医学院附属儋州市人民医院 （儋州市人民医院） | 海南医学院附属琼海市人民医院 （琼海市人民医院） | 海南省中医院 （海南医学院中医学临床学院） |
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| 其他机构 |
质量控制办公室 （医学教育研究所） | 教师发展与人才服务中心 | 图书馆（海南省医学信息研究所） |
| 档案馆 | 杂志社 | 现代教育技术中心 |
| 海南省药物安全性评价研究中心 | 海南省医学科学院办公室 | 发展规划研究中心 |
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| 学生发展与创新创业指导中心 |
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