1947年林筱海先生创建私立海强医事技术学校。1948年宋子文先生任第一任董事长的私立海南大学医学院创建。1951年3月，私立海强医事技术学校和私立海南大学医学院合并而成的海南医学专门学校。1952年改称海南医学专科学校。

1953年5月，海南医学专科学校中级部和海南人民医院附设护士学校合
并成立广东省第八卫生学校，同年11月改称广东省海口卫生学校，医专停办。1958年9月，在海口卫生专科学校的基础上复办海南医学专科学校，设医疗专业，学制三年。1962年，海南医学专科学校暂停招收大专生，只招收专科生。1965年，恢复招收医疗专业大专生。

文革时期，学校停止招生。1970年6月改名为海南行政区卫生学校。1972年10月复办海南医学专科学校，设医疗专业，同时招收中专检验班。1973年创建附属医院。粉碎四人帮以后，1977年全国高考恢复，1977年到1979年，学校招收了三届五年制临床医疗专业学生。1980年起，不再招收中专生，暂停招生本科生，只招收专科学生。1983年起，恢复五年制本科招生，8月，海南医学专科学校并入海南大学，称海南大学医学部。

1989年1月，海南大学医学部从海南大学分出，成立海南医学院（筹），增设医学检验、口腔学专业，学制三年。1993年7月，经国家教委批准正式成立海南医学院。1994年获学士学位授予权。1995年4月16日，中共海南医学院代表大会招生，会上选举产生了第一节委员会和纪检会。1996年、1997年经海南省卫生厅批准，将海南省农垦总局医院和海南省人民医院分别设立为学校的附属医院，即附属新华医院和附属人民医院。1997年5月，国家教委批准确认学校为本科教学工作合格院校，同年，增设护理学专业。

2000年7月19日，校本部搬迁至城西校区。2003年，教育部确定学校为联合培养硕士学位研究生单位。2004年起，学校相继与北京大学等多所高校联合培养硕士研究生。2006年，学校开办留学生教育。2007年，学校全面启动申办医药大学行动计划。2008年，学校举办60周年纪念活动