FlowJo_10.8.1的主界面如下图所示，主要分为A至E这五个区域。
A区是常用功能键，其功能在BC区都有体现。具体包括三项功能：点击这个
"add sample"键后，可以选择存放要分析的FCS文件夹，并打开并显示所选择的FCS文件在E区域；点击这里
可以打开统计表（如果已生成统计表，则显示所生成的表格；如果尚未生成，则可选择要统计的指标并生成表格）；点击这个
"layout Editor"键后，可以查看生成的layout或生成所需的Layout。
BC区是FlowJo的菜单操作区，其中B为主采单，C为主采单的子菜单（项目）。下图C区显示的是FlowJo主采单的子菜单，各个主采单下面的子菜单功能将在后面进行介绍。
D区主要用于批量操作和补偿设置。批量操作指在对一个FCS文件进行分析后，将该分析结果应用到E区所有FCS文件，然后可以在layout中生成各种图形等；补偿功能较为复杂，需要单独解释或展示。
E区用于显示每个FCS文件的内容。通过点击"add sample"键选择要分析的FCS文件夹，选中的文件将显示在这个区域内，也可以直接将选择的FCS文件拖放到该区域。分析时会显示每个FCS文件的分析指标，包括设定的门（gate）和统计值等信息。
转自谭谈流式FCM
